A É impossível se analisar todas as proteínas de uma amostra biológica em um único gel, devida a tremenda variação em abundância das proteínas.

B Caso seja aumentada a quantidade proteínas visando a detecção de proteínas menos abundantes, o gel é sobrecarregado pelas proteínas de maior abundância e a resolução é perdida.

C É necessário encontrar uma estratégia de solubilização e separação que atenda a todas as proteínas de uma amostra.

D Proteínas de alto peso molecular (maiores que 200kDa) podem não migrar eficientemente no gel.

E Proteínas muito pequenas (menores que 10kDa) se sobrepõem, devido a sua alta mobilidade no gel da primeira dimensão, o que resulta em perda de resolução.