A permite confirmar o diagnóstico clínico, em casos com penetrância incompleta ou expressão variável dos genes envolvidos.

B é mandatório para o diagnóstico diferencial com outras síndromes genéticas de origem cromossômica como S. de Rett ou S. de deficiência mental associada ao cromossomo 15.

C permite identificar a alteração citogenética como trissomia livre do cromossomo 21, translocação balanceada ou mosaicismo, indicando o estudo familiar e o cálculo de risco para a próxima gravidez.

D permite detectar alterações citogenéticas adicionais às do cromossomo 21, que podem ser usadas para definir o prognóstico da evolução da criança afetada.

E permite identificar 2% dos casos com apresentação clínica de S. de Down que não são portadores das alterações cromossômicas típicas e são considerados de origem epigenético, tendo a possibilidade de abordagens terapêuticas particulares.